ТОГБОУ «Центр лечебной педагогики и дифференцированного обучения» функционирует с 21 июля 2008 года в результате слияния трех образовательных учреждений, имеющих большой (более 80 лет) опыт работы с детьми с ограниченными возможностями здоровья: ТОГОУ «Специальная (коррекционная) общеобразовательная школа»; ТОГОУ «Специальная (коррекционная) общеобразовательная школа - интернат №3 VIII вида»; ТОГОУ «Специальный (коррекционный) детский дом для детей с отклонениями в развитии №6».
Центр располагается в трех зданиях по адресам: г. Тамбов, ул. Самарская, д.9; ул. Лермонтовская, д.28; ул. М. Горького, д.6.
Исторически сложилось так, что все три здания изначально строились как образовательные учреждения.
В главном корпусе (Самарская, 9) в годы советской власти располагалась средняя школа № 26, в 1979 году сюда была переведена вспомогательная школаинтернат № 3, основанная в 1928 году и располагавшаяся на пл. Коминтерна, 3. С марта 2002г. учреждение переименовано в специальную (коррекционную) общеобразовательную школу-интернат № 3.
В здании Центра по ул. М. Горького до Октябрьской революции находилась миссионерско-псаломщическая школа при Казанском мужском монастыре.
С 1928 года здесь располагалась вспомогательная семилетняя школы № 10, в 1994 г переименованная в трудовую, а в 2006 году в ТОГОУ «Специальная (коррекционная) общеобразовательная школа».
В здании дошкольного отделения Центра в 1924 начал функционировать детский дом общего типа им. Клары Цеткин. С годами профиль детского дома менялся. Сначала открыты были группы для детей с нарушением интеллекта, затем группы для детей с нарушением речи.
С 1982 года детский дом № 6 стал полностью дошкольным детским учреждением для детей с нарушением интеллекта.
В 2008 году на основании постановления администрации области от 22.04.2008 № 490 «О реорганизации Тамбовских областных государственных образовательных учреждений» все три образовательные организации были объединены в единое Тамбовское областное государственное образовательное учреждение для детей, нуждающихся в психолого-педагогической и медикосоциальной помощи, «Центр лечебной педагогики и дифференцированного обучения», в 2015 году переименованное в Тамбовское областное государственное бюджетное общеобразовательное учреждение «Центр лечебной педагогики и дифференцированного обучения» (постановление администрации области от 20.11.2015 № 1348).